文章插圖

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Excel進行配色提取 , 繪制Cell都在用的南丁格爾玫瑰圖、GO富集圖等!
一位審稿人曾經說:“我看稿件的順序是題目、摘要、圖表、前言、參考文獻和正文 ?!?br /> 可見論文圖片質量非常重要 , 圖片質量的高低很大程度上決定了論文能否被順利錄用 。
毋庸置疑 , 擁有賞心悅目的配圖的稿件更加能夠獲得審稿人的青睞!
登高望遠 , 學習高分文獻中的精美配圖是提高自身文章配圖水平的不二法門 。
今天半就給大家分享從一篇2020年2月26日發表的Cell文獻【1】中學習繪制南丁格爾玫瑰圖、GO富集圖等 , 權當拋磚引玉 。
首先 , 我為什么分享使用Excel繪圖?
1、 幾乎所有人電腦上都安裝有Excel;
2、 Excel功能強大 , 可繪制出不遜于編程與其他專業軟件的圖形效果;
3、 可導出高分辨圖片;
4、 Excel還能夠實現一些常用軟件(如Graphpad prism)繪制不了的圖形 。
Excel繪制南丁格爾玫瑰圖
南丁格爾玫瑰圖(Rose diagrams)是英國護士和統計學家弗羅倫斯·南丁格爾(Florence Nightingale)發明的一種圓形的直方圖 。
其優點是使數據易于理解 , 讓人印象深刻 。
下圖是國際頂級期刊Cell文章中使用的玫瑰圖【1】 , 用以說明差異表達基因(DEGs)在不同組織中的分布情況:
尺有所長 , 寸有所短 。
目前常用繪圖軟件GraphPad Prism暫不能繪制南丁格爾玫瑰圖 , 然而幾乎所有人電腦中均安裝了的軟件Excel卻可以輕松繪制漂亮的玫瑰圖 。
繪制步驟:
1. 數據準備
模擬與Cell文獻中類似的7組數據 , 每組所占角度為360°除以7為51.4286°:
選擇步驟1得到的數據 , 菜單欄點擊插入 -> 插入圖表 -> 雷達圖下選擇填充雷達圖:
3.1 選擇并刪除玫瑰圖外圍的數字:
選中圖形 , 鼠標右擊選擇設置數據系列格式:
添加序列標簽前準備好如下輔助數據:
使用XL toolbox(https://www.xltoolbox.net/)插件Import&Export下導出高清Tiff圖片:
相信很多人都曾經為繪圖配色而苦惱 , 無論怎么調整都覺得自己的配色“辣眼睛” 。
向高分文章學習漂亮的配色方案是一個不錯的選擇 。
在此繼續以Cell文章【1】為例向大家分享Excel提取配色的方法!
下圖是Cell文章中7個不同組織的顏色:
1. EasyCharts插件
鏈接:http://easychart.github.io/post/Easycharts/。
下載完成后按照說明進行安裝:
2. 使用顏色拾取進行配色提取
將想參考配色圖片截圖導入Excel , 點擊E asyCharts中的顏色拾取 , 逐一提取各組顏色 , 保存獲得各顏色對應的RGB值:
以GraphPad Prism為例 , 填充顏色時選擇More colors , 在RGB處填入提取的RGB值 , Add to custom colors可以保存顏色后續使用 , 不需要再次輸入:
1. EasyCharts插件除可以進行顏色拾取外色輪參考亦可輔助配色:
Cell文獻還對差異表達基因進行了GO分析 , 圓圈中的數字對應每一項中富集的基因數量:
1. 準備GO分析數據,繪圖需使用GO分析名稱(Description列)、-Log10P與基因數量:
設置柱形圖顏色為灰色:
Excel繪制另類柱形圖:
Cell文章中使用不同組織的模式圖 , 增加了圖形的趣味性 。今天半夏給大家分享一款高效模式圖繪制神器——BioRender 。
BioRender包含Imuunology、Microbiology、Neuroscience等在內的30多個生命科學領域的數千個模板 。需要什么搜索即可挑選自己需要的模式圖 , 例如搜索kidney:
實用網站
除了可以從Cell文章學習繪圖外 , 文中還涉及了一些實用網站 。
1. Metascape
鏈接:http://metascape.org
Metascape【2】整合了GO、KEGG、UniProt和DrugBank等多個權威的數據資源 , 不僅能完成通路富集和生物過程注釋 , 還能做基因相關的蛋白質網絡分析和涉及到的藥物分析 。作者使用Metascape進行了GO分析 。
鏈接:www.cellphonedb.org
CellPhoneDB是一種用以預測潛在的特殊的細胞間互作新型統計工具【3】 。
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