依據各種各樣蛋白酶活性部位的特性可分之為四大類: 絲氨酸蛋白酶、巰基蛋白酶、天冬氨酸蛋白酶、金屬材料蛋白酶 。
絲氨酸蛋白酶:其活性中心除絲氨酸外也包括組氨酸和天冬氨酸殘基,如胰腺所自身分泌各種各樣內肽酶及與凝血功能、溶血癥化學纖維、補體系統相關的各種各樣蛋白酶 。
【天冬氨酸蛋白酶:其活性中心除絲氨酸外還需有組氨酸殘基參與 蛋白質水解酶的主要類別有哪四種】巰基蛋白酶:其活性中心除胱胺酸外還需要組氨酸殘基參加,如綠色植物信息的來源和體細胞溶酶體內的某個機構蛋白酶 。
天冬氨酸蛋白酶:它們活性中心是通過2個天冬氨酸殘基所構成,如由胃膜自身分泌胃蛋白酶、腎臟功能里的血管緊張素2釋放出來酶及體細胞溶酶體中的一些機構蛋白酶等 。
金屬材料蛋白酶:其活性中心除重金屬離子外還需要有別的碳水化合物殘基參加,如胰腺羧肽酶的活性中心包含鋅離子及磷酸、色氨酸殘基 。
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