1、第1部：邪用不勝正 。
【神兵小將大結局】2、雖然所有神獸都失去了本性，可是在孩子們與自己曾經的神獸作戰的同時，問天收到了玉龍國女元首的啟示：友誼 。孩子們把深受們恢復本性后 ， 用“團結天晶”打敗了天地盟主 ， 救出女元首 。女元首封問天等人為“神兵小將” 。
3、第2部：共創友愛的世界 。
4、玄天邪帝把大家分散后，雖然大家的“援兵”打敗了面前的敵人，但是一閃具有原始天魔的邪惡力量的大門擋住了他們幫助問天的去路 。無奈之下，只有靠問天自己的實力 。但是，援兵大百足在牢籠里救出了玉燕，并從地下鉆出來讓玄天邪帝變成原來的玄天圣帝 ?？墒?nbsp;， 因為玄天邪帝不相信玉燕的話，大百足不幸受傷 。問天知道“天晶雙劍可以破玄天邪帝”，突然想到自己心里的好兄弟——影子問內天 。問天與影子問天一容起打敗蛛魂，恢復了玄天邪帝的記憶 。戰爭后，玄天圣帝向玉燕懺悔，玉燕也把靈劍雙子、牛郎、武勇加封為“神兵小將” 。