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monocle2，visor

知識百科經驗分享

monocle 擬時序分析擬時序分析指的是根據不同細胞亞群基因表達量隨時間的變化情況，構建細胞譜系發育 。
這個時間并不是真的時間，而是一個虛擬的時序列，是指細胞與細胞之間的轉化和演替的順序和軌跡 。
monocle是我們經常用的擬時序分析工具，可以使 。
【monocle2，visor】

monocle2，visor

文章插圖
實驗記錄9:Monocle包的使用方法參照官網教程： http://cole-trapnell-lab.github.io/monocle-release/docs/#getting-started-with-monocle或在R中運行以下命令：Monocle是用于分析single-cell RNA-seq的R包，能夠將細胞按照模擬的時間順序進行排列，顯示 。
實驗記錄10: 用Monocle進行偽時間分析【Introduction】Monocle介紹了使用RNA-Seq進行 單細胞軌跡分析的策略，能夠將細胞按照模擬的時間順序進行排列，顯示它們的發展軌跡如細胞分化等生物學過程 。
Monocle從數據中用 無監督或半監督 學習獲得這個軌跡 。
無監督：利 。
monocle2，visor

文章插圖
monocle3 的安裝采用devtools::install_github('cole-trapnell-lab/monocle3')進行安裝 在安裝時出現報錯rgdal的報錯，把這個問題解決了，在進行devtools::install_github('cole-trapnell-lab/monocle3') 安裝 。
安裝的問題太多了，還好 。