1、方向和范圍不同：執業西藥師可以從事與西藥有關的工作，執業中藥師可以從事與中藥有關的工作 。
2、考試的科目不同：執業西藥師考試科目有藥事管理與法規、藥學專業知識（一）、藥學專業知識（二）、藥學綜合知識與技能；執業中藥師考試科目有藥事管理與法規、中藥學專業知識（一）、中藥學專業知識（二）、中藥學綜合知識與技能 。
【執業西藥藥師和執業中藥藥師區別】3、范圍不同：中藥師主要是指導中藥使用，西藥師是指導西藥的使用 。不允許跨執業范圍執業 。
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