CASP15全新賽道冠軍，普美瑞生物復合物結構預測加快PROTAC管線推進( 二 ) _健康小知識

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CoDock算法成功預測多種蛋白復合物體系三維結構
(圖片由普美瑞生物提供)
目前， CoDock算法已經能夠對蛋白質-蛋白質、蛋白質-小分子、蛋白質-核酸、抗原-抗體、蛋白質-多肽，以及PROTAC三元體復合物等多種復合物結構進行預測。并且，在不同的復合物類型中，團隊也進行了相應算法的開發與調整，保證整個算法包中均有具體的算法去對應各種復合物的結構。
普美瑞生物官網截圖
該算法包以生物大分子復合物結構預測技術平臺MOL-Turing的形式，目前已在普美瑞生物官網上線，且該平臺相關算法現已全部升級為本次CASP15比賽中獲得冠軍的最新版本。
自建小分子、抗體、PROTAC平臺，滿足設計、優化、驗證
普美瑞生物將CoDock核心算法主要推廣應用至三大場景，常規的小分子先導化合物發現平臺，熱門的抗體發現平臺，以及全新的PROTAC(蛋白水解靶向嵌合體)分子設計平臺。
全球范圍內，目前尚無PROTAC藥物正式獲批，且其由于其復雜的分子結構而在成藥性、安全性等方面頗具爭議。 20年前， CraigM.Crews教授首次提出PROTAC ，該分子是一種雜合雙功能小分子化合物，結構中含有兩種不同配體，一個是泛素連接酶E3配體，另一個是與細胞中目標靶蛋白結合的配體，兩個配體之間通過Linker相連，從而形成“三體”聚合物——靶蛋白配體-Linker-E3配體。
2020年， CraigM.Crews教授創立的Arvinas(ARVN.US)宣布兩項自有管線進入臨床試驗階段，并在臨床I期的數據中展現出非常好的藥學性質與療效。這一結果無疑解開了行業內對PROTAC的諸多疑惑，國內外大批的PROTAC公司、管線也開始涌現。

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PROTAC分子設計平臺流程以及實驗結構復原效果
(圖片由普美瑞生物提供)
普美瑞生物自2019年開始關注PROTAC ，并在2020-2021年間快速完成了基于CoDock的PROTAC分子設計平臺。通過預測復合物結構，直接評估該PROTAC分子是否能夠與E3酶和靶標蛋白形成比較穩定的復合物，并且預測該PROTAC分子的降解能力。在實際的項目研發中，該平臺每設計出2-3個分子，就能找到1個活性特別好的PROTAC 。
同理，包括小分子先導化合物發現平臺、抗體發現平臺在內，如果能夠在前期通過算法預測靶點與配體復合物的結合模式以及結合效率，就可以完成相應的篩選與優化。另外，普美瑞生物基于團隊在分子生物學與細胞生物學的豐富研究經驗，在內部建立起藥效藥理平臺，以支持對平臺設計分子的生物實驗測評。
普美瑞生物通過先進算法建立起的優勢決定了其能夠響應各藥物類型分子的研發，進行快速的分子設計與優化。
“FirstinClass”管線即將轉化，未來算法仍為高壁壘核心競爭力
【CASP15全新賽道冠軍，普美瑞生物復合物結構預測加快PROTAC管線推進】CASP15的驚喜表現，讓普美瑞生物不論是在SaaS業務，還是在CRO業務方面，都有了在業內大展拳腳的機會。據悉，公司新一輪的融資計劃也正在積極籌備中。
目前，普美瑞生物擁有自主知識產權的PROTAC管線在概念驗證方面已經實現了全新靶點的降解，并在藥學性質優化方面穩步推進。后續不論是通過合作開發，或是以LicenseOut的方式進行商業轉化，都將有望成為該靶點FirstinClass的PROTAC 。
短期內，普美瑞生物的計算平臺將會繼續進行全面的開發與優化，全新的算法工具也將不斷更新上線。管線方面，公司也計劃在1-3年內完成1-2個創新藥物研發管線的PCC或IND研發。