葉酸可引起臉紅、氣管痙攣、紅斑、皮疹、瘙癢、不安等不良反應 ， 長期用藥可出現畏食、食欲缺乏、惡心、腹脹等胃腸道癥狀 。 大量服用葉酸時 ， 可引起黃色尿 。 腎功能正常者 ， 很少發生中毒現象 。 長期服用需要注意：

1. 葉酸口服可迅速改善巨幼細胞貧血 ， 但不能阻止由維生素B12缺乏所致的神經損害進展 ， 例如脊髓亞急性聯合變性 。 如果大劑量持續服用葉酸 ， 可進一步降低血清維生素B12的含量 ， 反而使神經損害向不可逆轉方面發展 。 因此 ， 在明確排除維生素B12缺乏所致惡性貧血前 ， 不宜冒然單獨使用葉酸治療 。
   
2. 某些葉酸制劑中含有鋁 ， 警惕鋁中毒 ， 尤其是大劑量、長期使用或者有腎功能不全的患者 。 某些葉酸制劑中含有苯甲醇及其衍生物 ， 警惕潛在毒性 ， 包括呼吸系統毒性（有時可致命）、中樞神經系統功能障礙、低血壓、心血管功能衰竭等 。
   
3. 與維生素C同服 ， 可能抑制葉酸在胃腸道中的吸收 。 綠茶可增加葉酸血藥濃度 。 口服大劑量葉酸 ， 可影響微量元素鋅的吸收 。