高效液相色譜儀主要有進樣系統、輸液系統、分離系統、檢測系統和數據處理系統 ， 下面將分別敘述其各自的組成與特點 。
1.進樣系統 一般采用隔膜注射進樣器或高壓進樣間完成進樣操作 ， 進樣量是恒定的 。 這對提高分析樣品的重復性是有益的 。
2.輸液系統 該系統包括高壓泵、流動相貯存器和梯度儀三部分 。 高壓泵的一般壓強為l.47～4.4X107Pa ， 流速可調且穩定 ， 當高壓流動相通過層析柱時 ， 可降低樣品在柱中的擴散效應 ， 可加快其在柱中的移動速度 ， 這對提高分辨率、回收樣品、保持樣品的生物活性等都是有利的 。 流動相貯存錯和梯度儀 ， 可使流動相隨固定相和樣品的性質而改變 ， 包括改變洗脫液的極性、離子強度、PH值 ， 或改用競爭性抑制劑或變性劑等 。 這就可使各種物質(即使僅有一個基團的差別或是同分異構體)都能獲得有效分離 。
3.分離系統 該系統包括色譜柱、連接管和恒溫器等 。 色譜柱一般長度為10～50cm(需要兩根連用時 ， 可在二者之間加一連接管) ， 內徑為2～5mm ， 由"優質不銹鋼或厚壁玻璃管或鈦合金等材料制成 ， 住內裝有直徑為5～10μm粒度的固定相(由基質和固定液構成).固定相中的基質是由機械強度高的樹脂或硅膠構成 ， 它們都有惰性(如硅膠表面的硅酸基因基本已除去)、多孔性(孔徑可達1000?)和比表面積大的特點 ， 加之其表面經過機械涂漬(與氣相色譜中固定相的制備一樣) ， 或者用化學法偶聯各種基因(如磷酸基、季胺基、羥甲基、苯基、氨基或各種長度碳鏈的烷基等)或配體的有機化合物 。 因此 ， 這類固定相對結構不同的物質有良好的選擇性 。 例如 ， 在多孔性硅膠表面偶聯豌豆凝集素(PSA)后 ， 就可以把成纖維細胞中的一種糖蛋白分離出來 。
另外 ， 固定相基質粒小 ， 柱床極易達到均勻、致密狀態 ， 極易降低渦流擴散效應 。 基質粒度小 ， 微孔淺 ， 樣品在微孔區內傳質短 。 這些對縮小譜帶寬度、提高分辨率是有益的 。 根據柱效理論分析 ， 基質粒度小 ， 塔板理論數N就越大 。 這也進一步證明基質粒度小 ， 會提高分辨率的道理 。 再者 ， 高效液相色譜的恒溫器可使溫度從室溫調到60C ， 通過改善傳質速度 ， 縮短分析時間 ， 就可增加層析柱的效率 。