蛋白質分離器的作用是分解食物殘渣和魚糞產生的有機物 。魚缸中的生物排泄物和食物殘渣被腐殖細菌分解為氨 。氨對魚缸中的生物有害 ， 氨的存在對海水魚缸中的珊瑚和魚更有害 。
【蛋白質分離器的作用就是分解 海水缸為什么要蛋白分離器】蛋白質分離器主要利用機器底部抽水產生的泡沫 ， 通過表面張力吸收水中可溶性有機物和雜質產生的蛋白質 ， 通過氣泡進入蛋污水儲存盒 。(一般變成黃色液體 ， 定期清洗)用這種效果凈化水質 。其意義是：減少海水魚缸中蛋白質的含量 ， 然后控制氨的含量 。另一個作用是 ， 由于蛋機底部水泵的沖擊 ， 水中的溶解氧量也會增加 ， 這將使過濾罐中的硝化細菌繁殖更加有利 。事實上 ， 蛋白質分離器最多只能去除魚缸中50%的蛋白質和其他雜質 ， 部分需要魚缸本身過濾系統產生的硝化細菌來凈化 。
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