一、葉片的區別
石菖蒲的葉片顏色為暗綠色，呈線形，長約20-50厘米，從基部對折，中部以上均平展 。而水菖蒲顏色稍淺，綠色，為劍狀線形，較長，大概90-150厘米，
二、花的區別
石菖蒲為三棱形花序，長約4-15厘米，肉穗花序為圓柱狀，上部直立或者稍彎，漸尖，花的顏色為白色 。而水菖蒲花序稍微扁一點，肉穗花序近直立或者斜向上，呈狹錐狀圓柱形，花的顏色為黃綠色 。
三、根莖區別
【石菖蒲和水菖蒲的區別】石菖蒲根部呈扁圓柱形，長約3-20厘米，直徑約0.3-1厘米，表面的顏色較深，呈灰棕色或者棕褐色 。而水菖蒲根部比前者更粗大，直徑約1-1.5厘米，分枝少，顏色稍淺，最淺可至白色 。
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