【DNA純化的方法】大量提取的質粒DNA一般需進一步純化，常用柱層析法和氯化銫梯度離心法 。
常使用的所有純化方法都利用了質粒DNA相對較小及共價閉合環狀這樣兩個性質 。例如，用氯化銫溴化乙錠梯度平衡離心分離質粒和染色體DNA就取決于溴化乙錠與線狀以及與閉環DNA分子的結合量有所不同 。
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