自來也死的時候是在第353話“自來也豪杰物語”中，在這一集里，自來也被自己的徒弟長門所殺 。
長門利用輪回眼制造出了佩恩六道，自來也為了調查曉組織的秘密來到了雨忍村 ， 調查中發現自己的徒弟長門就是曉組織的首領，決定打敗他，但是佩恩的能力很強，自來也不清楚敵人的能力 ， 一直處于下風 。
后來自來也配合蛤蟆仙人使用了幻術將佩恩控制住 ， 長門也因此被困，一番說教后，自來也用大刀將佩恩的肚子切開了口子，以為這樣就結束了，沒想到后面又出現了另一個佩恩，將自己的手臂打斷 。
【自來也死的時候多少集】之后自來也明白了佩恩的秘密，剛要說出來，喉嚨被捏碎 ， 身體被金屬棒貫穿 ， 留下暗號后，身體下沉到了大海中 。