商業秘密司法鑒定的問題有：
(一)關于鑒定機關的資質問題；
(二)關于當事人的舉證責任問題；
(三)關于出版物公開和秘密性的關系問題 。
【法律依據】
【商業秘密司法鑒定有哪些問題】《司法鑒定程序通則》第2條規定：“司法鑒定機構接受鑒定委托，應當要求委托人出具鑒定委托書，提供委托人的身份證明，并提供委托鑒定事項所需的鑒定材料 。委托人委托他人代理的，應當要求出具委托書 。”
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