土地承包權流轉糾紛的原因是：
1、因流轉內容不合法引發的糾紛 ， 土地承包經營權流轉的前提是不能改變土地的農業用途 。
【土地承包權流轉糾紛的原因是什么】2、村委會隨意調整土地產生的糾紛 ， 部分農村地區，村委會隨意調整土地現象比較嚴重 。
3、村委會對土地承包合同疏于管理引起的糾紛，村委會將屬于本村的流動地對外發包給村集體以外的個人或組織 。
4、農地非農化過程中政府與農戶間的糾紛 。
【法律依據】
根據《農村土地承包法》第七條，農村土地承包應當堅持公開、公平、公正的原則，正確處理國家、集體、個人三者的利益關系 。
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