公元7世紀 ， 阿拉伯人建立起帝國 ， 開始對外擴張和傳播伊斯蘭教的步伐 。 公元663年 ， 波斯地區被占領 ， 在阿拉伯人的影響下 ， 波斯人和阿塞拜疆人改信了伊斯蘭教 。
阿拉伯帝國興起后 ， 西亞、北非及高加索的大部分民族都皈依伊斯蘭教 ， 但亞美尼亞人則是個例外 。 阿拉伯帝國滅亡后 ， 后來的波斯薩法王朝、奧斯曼帝國等伊斯蘭勢力頻繁染指亞美尼亞地區 ， 到公元16世紀 ， 亞美尼亞被奧斯曼和波斯瓜分 。
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其中 ， 包括納卡地區在內的“東亞美尼亞”被波斯占領 ， 納卡地區被納入波斯的一個行省 。 奧斯曼則占據了黑海沿岸地區的亞美尼亞西部 。
波斯和奧斯曼都是伊斯蘭國家 ， 因此信仰基督教的亞美尼亞人成了伊斯蘭勢力的眼中釘 。 在當時 ， 阿塞拜疆人主要生活在里海沿岸的平原地帶 ， 而亞美尼亞人主要生活在高加索的山區 ， 為了打壓異教徒亞美尼亞人 ， 波斯鼓勵同樣信仰伊斯蘭教的阿塞拜疆人移居到西部山區 。
經過數百年遷移 ， 在平原向山地過渡的地帶（納卡地區） ， 阿塞拜疆人逐漸取代亞美尼亞人 ， 成為了當地的主要民族 。
沙俄的民族分離政策讓高加索地區民族矛盾加劇
從17世紀開始 ， 隨著當時沙俄的崛起對高加索一帶進行了擴張個控制 ， 他們威力尋求南下擴張勢力 ， 沙俄開始向黑海和里海及高加索一帶擴張 ， 這一帶當時是奧斯曼和波斯兩大帝國的領土 ， 因而戰爭不可避免地發展了 。 在經過了六次俄土戰爭 ， 沙俄奪取了黑海北部的克里米亞半島、以及格魯吉亞一帶；又從波斯人那里奪取高加索地區和里海 。 東亞美尼亞地區和北阿塞拜疆地區就被波斯人割讓給沙俄 。
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要取得一個地區的穩定統治最有效的方法就是民族分離 ， 通過激化矛盾讓這個地區的不同民族互相仇恨然后讓自己漁翁得利 ， 沙俄就是這么做的 。 沙俄在當時的高加索為了打壓阿塞拜疆人就選擇扶持和自己信仰一致的亞美尼亞人 。 他們在納卡地區驅逐阿塞拜疆人鼓勵亞美尼亞人遷入 ， 經過幾百年的移民 ， 原本阿塞拜疆人占多數的納卡地區就變成了以亞美尼亞人為主的地區 。
對于納卡地區來說 ， 從亞美尼亞人看來 ， 我們很早就生活在這里 ， 而阿塞拜疆人才是后來移民者；而阿塞拜疆人則認為這里是我們幾代人生活的地方 ， 應該屬于阿塞拜疆人 。 這兩個民族的矛盾就由此而產生 。
蘇聯時期的民族政策激化了當地的民族矛盾
當時的沙俄由于封建農奴制得到保留 ， 農奴主和農奴之間的階級矛盾尖銳 ， 國內的民族成分和宗教成分紛繁復雜 ， 導致民族宗教矛盾也十分尖銳 。 因此當時沙俄國內革命不斷 ， 高加索地區的人們也開始了轟轟烈烈的獨立運動 ， 但都遭到了沙俄的鎮壓 。 1914年一戰開始 ， 參加協約國的沙俄由于戰爭國內經濟面臨崩潰 ， 社會矛盾激化 ， 終于導致了十月革命的爆發建立了蘇維埃政權 ， 成立第一個社會主義國家 。 此時的外高加索三國（亞美尼亞、阿塞拜疆和格魯吉亞）在蘇俄“幫助”下建立蘇維埃政權 。 并在1922年 ， 亞美尼亞、阿塞拜疆和格魯吉亞以加盟共和國的身份加入蘇聯 。
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外高加索地區民族宗教成分復雜 ， 蘇聯當時卻并沒有處理好該地區的民族矛盾 ， 反而有激化趨勢 。 1921年 ， 蘇當局以民族自決為由將納卡地區劃歸給亞美尼亞 。 然而 ， 考慮到蘇聯西南部面臨著土耳其等伊斯蘭勢力 ， 并為了安阿塞拜疆 ， 又把納卡劃給阿塞拜疆 ， 成為“阿塞拜疆蘇維埃共和國”的一個自治州 。 這次劃分引起了當地亞美尼亞人的強烈不滿 ， 也為蘇聯解體后亞阿兩國的爭端埋下伏筆 。