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用進廢退適用于生物個體，就是通常理解的某些器官多用則發達 ， 少用則退化，但是這個“進”和“退”是生物個體后天在蛋白質構成水平以及調控上出現的改變，這種改變并不改變個體的基因，因此不具備遺傳給后代的能力，不能用于解釋生物的進化；
【如何分別用進廢退和自然選擇】自然選擇是在生物的基因層面，大自然進行優化選擇 ， 優的基因型總是比劣的存活的多 ， 因此優的基因型遺傳保留下來的就多，這個就解釋了生物的進化 。
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