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基因組是指一個生物體所有基因(結構和功能單位)的總和 。 基因組學是生命科學所有學科的基礎 , 又是21世紀生命科學的前沿和新起點 。 現階段的基因組有兩項主要的核心技術:序列測定(sequencing , 測序)與基因組信息學(genome bioinformatics) 。
基因組學就是把生命科學“序列化”和“數字化” , 測序旨在“拿到”生命的這本“天書” , 包含DNA、RNA、甲基化、單細胞等測序方法 。 基因組信息學分析需要借助計算機和相關軟件 , 結合表型分析來“解讀”這本“天書” 。 丹納赫生命科學擁有一系列的基因組學方案 , 從樣本獲取、核酸提取、高通量測序、基因表達和分型等方面進行廣泛而深入的解析 。
01
樣本獲取
徠卡顯微系統針對FFPE樣本的富集和捕獲單細胞測序建庫有多項專利優勢(采用專利激光掃描切割技術 , 精度可達0.07 μm) 。 福爾馬林固定石蠟包埋(Formalin Fixed and Paraffin Embedded, FFPE)樣本 , 可在常溫情況下長期保存 , 用于組織學診斷及研究使用 。 NGS 技術的出現與不斷發展進步賦予了 FFPE 樣本更大的應用潛力 , 如回顧性研究、biomarker 篩查、預后指示等 。
激光顯微切割 , 也被稱為LMD或LCM(激光捕獲顯微切割) , 是一種從不同組織樣本中 , 分離出特定的單細胞或整個區域組織的非接觸式和無污染的方法 。 切割部分可用于進一步的分子生物學實驗 , 如PCR、實時熒光定量PCR和其他分析技術 。
激光顯微切割技術已廣泛應用于神經科學、癌癥研究、植物分析、法醫學或氣候研究等領域 , 該方法同時也適用于細胞培養的操作或蓋玻片的顯微雕刻 。 徠卡LMD系統對于優化DNA(全基因組)、RNA(轉錄組)的工作流程是優選的工具 , 因為他們可以在視覺控制下精確地定義并收集樣本 。
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圖1 徠卡激光顯微切割系統 LMD6/7
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1顯微切割之前 | 2顯微切割之后 |
3顯微切割的成纖維細胞感染 | 4重新培養后 4 天
02
核酸提取純化
針對不同樣本類型及應用方向 , Beckman Coulter Life Sciences可提供豐富的核酸提取試劑(包含DNA、RNA、總核酸提取) 。 核酸純化和片段篩選是基因組應用中所必須的步驟 , 這些應用包括高通量測序(NGS)、qPCR/ddPCR/PCR、微陣列以及其他酶反應 。 為了最大限度地提高回收率、穩定性和速度 , 以促進整個 NGS 工作流程 , AMPure XP 試劑盒被優化 , 有效降低重要遺傳信息丟失的風險 , 進而滿足當今基因組應用的嚴格要求 。 目前 , 基于SPRI磁珠技術(固相載體可逆化固定技術)的AMPure XP核酸純化試劑已被200多種商業NGS試劑盒寫入SOP , 并在超過15000篇學術論文中被選用 。
【多元化|多元化創新技術助推基因組學研究】
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圖2 SPRI磁珠 結構特點及工作原理
均一粒徑 , 顆粒尺寸優化 , 高表面積/質量比
固相載體可逆化固定技術
(專利技術:使磁珠跟核酸可進行可逆的結合和分離)
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