病毒|中疾控周報：北美來的郵件是如何導致本土奧密克戎聚集傳播的變異|樣本|毒株

中疾控周報(CDC Weekly)最新一期披露了一起可能由北美郵寄文件導致的新冠奧密克戎變異株北京聚集傳播案例。
中疾控周報近日刊登了《2022年1月北京一起可能由國際郵寄文件引起的新冠Omicron新冠變異毒株傳播》。論文披露， 1月15日，北京一名26歲女性(病例A)因為疲勞和發燒兩天，來核酸檢測點進行新冠核酸檢測，結果呈陽性。當地疾控中心隨后對該結果進行了復核。此外，基于qRT-PCR的快速位點突變檢測顯示：該女性感染的新冠病毒攜帶Q498R突變， L452R、T478K缺失和P681R突變。這表明該患者感染了新冠病毒Omicron變異毒株。
在接下來的7天內，病例A的5名密切接觸者篩查呈陽性，包括她的母親(病例B)、同事(病例C ，也是指示病例)和病例C的三名家庭成員(病例D、E和F) 。
北京疾控中心隨即進行實地調查以確定感染源。病例A在北方某市高校云集區域生活和工作，沒有外出旅行史，也沒有與本地或輸入的高危人群密切接觸。進一步調查顯示，該病例因工作需要，會不定期收發國際郵遞來的文件。
值得注意的是，該病例于1月11日(發病前2天)收到了一份國際郵寄的文件，該文件于1月7日從海外寄出，到達該市后文件的外包裝進行消毒。當地疾控共采集了1054個環境樣本，其中22個樣本為該病例收到的國際郵件。
qRT-PCR顯示22份樣本中有12份SARS-CoV-2的ORF1ab/N基因片段檢測呈陽性，其中2份取自包裝外表面， 2份取內包裝，另外8份取自內部文件紙上。此外，快速位點突變測試表明所有12個陽性樣本都攜帶Q498R突變，表明這是Omicron變異株。
全部6個病例的呼吸道樣本和12個環境樣本，包括內包裝和病例A未觸及的內含紙，共收集到了六個完整的病毒基因組。總體而言，由于病毒載量低，從環境樣本中獲得了1個全基因組和1個近全長基因組，覆蓋率為88.8% 。
測序分析得出結論：整個病毒屬于BA.1譜系，即Omicron 。此外， 7個全基因組和1個近全長基因組共享100%的核苷酸相似性。系統發育分析表明，該病毒位于2021年12月中旬在北美和東南亞采集的部分毒株簇附近，與同期中國的局部簇存在顯著差異。
【病毒|中疾控周報：北美來的郵件是如何導致本土奧密克戎聚集傳播的】這是北京首個由Omicron變異株引起的本地集群感染。Omicron變異株于2021年11月9日首次報道，并被世界衛生組織(WHO)列為關切變異株(VOC) 。截至2022年2月1日，該變體已在170多個國家/地區發現，并已成為全球主要新冠變異毒株。
這項研究的一個顯著發現是該聚集感染的可能來源是國際郵件。中疾控周報稱，提出感染源是國際郵寄文件，主要基于以下證據：實地調查顯示，除了國際郵寄的文件外，該病例沒有潛在的暴露風險，發病間隔為2天。所有發現的病例都與病例A有流行病學聯系。環境監測從包裝內文件中發現了新冠病毒陽性樣本，其中部分頁面的陽性樣本未被病例A觸碰。更重要的是，病例A感染的新冠變異毒株基因組與從郵寄文件中收集的樣本相匹配，并與當時中國其他新冠變異毒株不同。
值得注意的是， 1月17日北京市疾控中心副主任、全國新型冠狀病毒肺炎專家組成員龐星火曾在發布會上通報海淀區新冠肺炎確診病例的溯源情況。龐星火表示，病例自述近期曾收發過國際郵件。該國際郵件于1月7日自加拿大發出，途經美國及中國香港到達北京，病例于1月11日收到郵件。