一部分蝙蝠是保護動物 。比如一般蝙蝠已納入《全球自然保護同盟》（IUCN）2008年稀有動物紅色名冊 。1996年世界自然保護同盟種群存活聯合會（IUCN/SSC）出版的《1996年受脅動物紅色名冊》中發布了蝙蝠（翼手目）動物受脅情況 。
【中國已有記錄的蝙蝠(翼手目 蝙蝠是保護動物嗎)】強調處在極風險（CR）類型有26種 ， 瀕臨滅絕（EN）有32種 ， 易危（VN）有173種 ， 累計231種 ， 僅次嚙齒類（330種） 。我國已經有的記錄蝙蝠（翼手目）中 ， 有很多是特有種或稀缺種 ， 《我國瀕臨滅絕動物紅書·獸類》中納入受威協比較大的蝙蝠有8種 。

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