外顯子是編碼序列，內含子不參與編碼，會在轉錄過程中的加工去除 。
內含子和外顯子的分界線在于：GUAG法則 。即每個內含子的開始兩個堿基都是是GU，或GT，最后兩個是AG 。
內含子：斷裂基因的非編碼區，可被轉錄，但在mRNA加工過程中被剪切掉，故成熟mRNA上無內含子編碼序列 。內含子可能含有“舊碼”，在進化過程中喪失功能的基因部分 。
【如何識別內含子與外顯子】外顯子：斷裂基因中的編碼序列，是真核生物基因的一部分，在剪接后仍會被保存下來，并可在蛋白質生物合成過程中被表達為蛋白質 。
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