牙買加West Indies大學一項研究顯示抗環斑病毒轉基因木瓜對試驗大鼠的胃腸道影響與傳統對照相當 。Melissa Powell及其同事研究了長期食用轉基因木瓜對大鼠腸道組織學及某些生化參數（酶活性）的影響 。

研究發現這些大鼠“腸粘膜的完整性未發生形態學改變” ， “飼料射入量、體重、排泄量未受影響” 。研究最后表明 ， 含轉基因木瓜的飲食對其腸內微生物數量、β葡糖苷酸酶、二糖酶和淀粉酶活性沒有影響 。

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