肌萎縮側索硬化(amyotrophic lateral sclerosis ， ALS)在早先時期與運動神經元疾病具有完全等同的含義 ， 特指先有下運動神經元損害 ， 之后又有上運動神經元損害的一個獨立的疾病 。 但后來發現還有另外兩種變異情況 ， 即病程中始終只累及上運動神經元或下運動神經元 ， 前者稱為原發性側索硬化 ， 后者稱為脊髓性肌萎縮 。 到目前為止有些文獻仍沿用運動神經元病來專指肌萎縮側索硬化 。
多數學者習慣根據上、下運動神經元受累的不同組合 ， 將運動神經元病分為肌萎縮側索硬化、原發性側索硬化和脊髓性肌萎縮三種類型 。 近年的研究提示肌萎縮側索硬化與多種相關疾病有共同的病理基礎 ， 這些疾病包括原發性側索硬化、ALS -癡呆、ALS-相關性額葉癡呆、進行性脊髓性肌萎縮、多系統萎縮和lewy小體病 。 病理檢查發現這些疾病同樣含有泛素陽性包涵體和透明團塊包涵體 ， 只是損傷了不同的解剖部位而出現各種各樣的臨床組合 。
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