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1、溫湯浸種法：即將干種子浸入55~60℃溫水中約10分鐘，期間不斷攪拌，待水溫降到25~30℃左右時，再浸泡6~8小時，淘洗干凈后進行催芽 。
2、藥劑消毒法：常用0.1%的多菌靈浸種1小時 ， 用清水沖洗后再用清水浸種12~14小時；或用0.1%~0.2%高錳酸鉀溶液浸種30分鐘；或用1%硫酸銅浸種5分鐘；或用40%福爾馬林150倍液浸種90分鐘；
或用500倍50%可濕性多菌靈粉劑浸泡南瓜種子1小時，取出沖凈，可防治炭疽?。?
或用10%的磷酸三鈉溶液浸泡南瓜種子20分鐘，撈出后洗凈，對南瓜花葉病毒防治效果較好；
或用500倍10%抗菌劑401溶液浸種30分鐘，可殺死攜帶的枯萎病、炭疽病等；
或用2%~4%的漂白粉溶液浸泡南瓜種子30分鐘，取出用凈水洗凈，可殺死種子表面細菌；
或用90%敵百蟲粉拌種，直播可防蟻類及地下害蟲咬種（亦可用煤油少量拌種，可兼防田鼠咬種） 。藥劑消毒一般要求在浸種前進行 ， 藥劑浸種后應立即用清水沖洗，以免發生藥害，浸泡所用藥液溫度為25~30℃，藥劑濃度不能過高或過低 。
3、高溫燙種：在兩個容器中分別加入等量的冷水和開水 ， 水量為種子量的3倍 。先將選好的種子倒入開水中，迅速攪拌3~5秒，然后立即將另一容器中的冷水倒入，攪拌到30℃左右，在室溫下浸種3~4小時，可殺死種子表面的病原菌 。
【春植南瓜種子的消毒方法】4、強光曬種：春季選擇晴好天，將種子攤在草席或紙等物體上，厚度不超過1厘米，在陽光下暴曬，每隔2小時翻動一次，使其受光均勻 。曬種除可殺菌外，還可促進種子后熟 ， 增強種子活力，提高發芽勢和發芽率 。但曬種時，種子不要直接放在水泥板、鐵板或石頭等物上，以免影響種子的發芽率 。