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有效追蹤耐藥頭狀葡萄球菌 流行病學監測有了新工具

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本文轉自：科技日報
有效追蹤耐藥頭狀葡萄球菌 流行病學監測有了新工具
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課題組驗證頭狀葡萄球菌基因組集和檢驗基因組集的系統發育樹及耐藥基因分布情況 。 科研人員供圖
洪恒飛王楨干科技日報采訪人員江耘
7月28日 ， 采訪人員從浙江大學醫學院附屬邵逸夫醫院獲悉 ， 該院感染科俞云松與陳衍課題組通過首創的頭狀葡萄球菌核心基因組多位點分型系統 ， 揭示了利奈唑胺耐藥頭狀葡萄球菌的克隆傳播和耐藥機制 ， 為多重耐藥病原體的流行病學監測提供了可靠的分子分型工具 。 相關研究論文近日發表在國際期刊《自然通訊》 。
頭狀葡萄球菌是一種常見的凝固酶陰性葡萄球菌 ， 可導致乳腺炎、復雜皮膚軟組織感染、人工關節感染等嚴重感染 。 國內有關頭狀葡萄球菌多中心菌株的親緣關系分析研究較少 。 核心基因組多位點分型系統是以大量菌株為基礎的核心基因組作為序列分型標記 ， 從而構建高分辨率的物種分型技術 ， 但相關建立策略以往存在納入核心基因數量不多、核心基因準確率低等問題 。
長期使用利奈唑胺這一抗菌藥 ， 會產生耐藥性 。 通過細菌耐藥監測研究 ， 有助于預測細菌耐藥發展變化趨勢 ， 明確耐藥機制 ， 從而引導抗菌藥物研發 。 此次研究中 ， 課題組應用了3個不同的頭狀葡萄球菌基因組集 ， 經過初步篩選和驗證基因組集篩選后 ， 最終建立包含1492個基因的核心基因組多位點分型系統 。 為驗證該系統 ， 課題組收集了目前所有利奈唑胺耐藥頭狀葡萄球菌的基因組作為檢驗基因組集 ， 納入從杭州、上海和哈爾濱等地醫院分離的菌株 。
“盡管菌株之間時空差異很大 ， 絕大多數利奈唑胺耐藥頭狀葡萄球菌均屬于同一克隆 ， 即該細菌同一進化分枝 。 團隊建立的系統分析鑒定發現了重要耐藥克隆 ， 并將其命名為L克隆 。 ”論文通訊作者、浙大邵逸夫醫院副主任醫師陳衍介紹 。
他介紹 ， 基于核心基因組單核苷酸多態性（SNP）系統發育分析的區分結果與頭狀葡萄球菌核心基因組多位點分型系統結果一致——大部分L克隆菌株攜帶利奈唑胺耐藥基因 ， 該基因由菌株中特定的環狀DNA分子攜帶 ， 并且只存在于L克隆中 。
【有效追蹤耐藥頭狀葡萄球菌 流行病學監測有了新工具】“雖然L克隆目前只發現于中國 ， 但已對臨床產生威脅 ， 亟須進行更大范圍的國際流行病學調查來監測L克隆的全球性流行和傳播 。 ”陳衍介紹 ， 期待在完善的核心基因組多位點分型系統的幫助下 ， 未來可以更好地監測多重耐藥頭狀葡萄球菌克隆播散情況 。