大蛇丸最終在第四次忍界大戰被洗白，戰爭結束后，雖然還是地下進行著自己的試驗，但是必須有木葉的監護人陪同才可以 。
大蛇丸在前期為了得到長生不死術，抓了很多活人做實驗，并將木葉的資料竊取出來，隨后自己被封印在了鼬的十拳劍中，但是因為自己的一部分細胞在兜的體內，所以此刻的大蛇丸是在紅豆咒印上 。
【大蛇丸結局】他聽到了兜模仿自己的生活方式，覺得自己懂的還是太少，要想明白世間的真理，必須讓故事進行下去才可以，所以大蛇丸此后也是進行活體實驗，利用自己的細胞培養出了巳月 。

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