二者主原料不同：
含乳飲料：是指以鮮乳或乳制品為主要原料，經調配、均質、灌裝、殺菌（或殺菌、灌裝）等工序加工而成的飲料，包括配制型含乳飲料、發酵型含乳飲料、乳酸菌飲料 。
復合蛋白飲料：是以乳或乳制品和不同的植物蛋白為主要原料，經加工（可經乳酸菌發酵）調配而制得的飲料 。
【復合蛋白飲料和含乳飲料的區別】兩者的區別在于：前者僅含動物蛋白（即鮮乳或乳制品），而后者同時含有動物蛋白和植物蛋白 。
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