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抗酸染色的原理：
分枝桿菌的細胞壁內含有大量的脂質，包圍在肽聚糖的外面，所以分枝桿菌一般不易著色，要經過加熱和延長染色時間來促使其著色 。但分枝桿菌中的分枝菌酸與染料結合后，就很難被酸性脫色劑脫色，故名抗酸染色 。
【抗酸染色法的抗酸染色的原理】齊尼氏抗酸染色法是在加熱條件下使分枝菌酸與石炭酸復紅牢固結合成復合物，用鹽酸酒精處理也不脫色 。當再加堿性美蘭復染后，分枝桿菌仍然為紅色 ， 而其他細菌及背景中的物質為藍色 。
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