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為什么有些人感染新冠后病情更嚴重？新研究給出答案

新型冠狀肺炎數據科學

為什么有些人感染新冠后病情更嚴重？新研究給出答案

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為什么有些人的新冠肺炎病程比其他人更嚴重？由包括多倫多大學和伙伴醫院的許多研究人員的國際合作創建的基因組序列數據庫可能包含這個問題的答案 ， 以及更多 。
加拿大新冠肺炎人類宿主基因組測序數據庫（稱為CGEn HostSeq）的起源可以追溯到疫情的早期 。
患病兒童醫院（SickKids）的高級科學家、T大學數據科學研究所學術主任Lisa Strug表示 ， 隨著中國和全球其他地區出現新型冠狀病毒的報告 ， 遺傳數據是她和其他研究人員在2019年底和2020年初的首要考慮因素 。

Strug說 ， 在我的研究中 ， 我使用數據科學技術來繪制負責復雜特征的基因 ， 他是T大學藝術與科學學院統計科學和計算機科學系以及達拉拉納公共衛生學院生物統計學系的教授 。
“我們知道基因是以前SARS感染嚴重程度的一個因素 ， 因此由密切相關的病毒引起的COVID-19也具有遺傳成分是有道理的 。
很早就開始收到幾位科學家的信息 ， 他們希望建立不同的研究來幫助我們找到這些基因 。
在接下來的幾個月里 ， 該中心是加拿大各地構成加拿大國家基因組測序基礎設施CGEn的三個站點之一 ， 他與來自聯合國和合作伙伴醫院和機構的近100名研究人員以及來自加拿大各地的其他研究人員合作 ， 為新冠肺炎患者注冊并對其基因組進行測序 。
識別單個基因和復雜特征之間的關聯通常需要數千個基因組——包括那些有該特征和沒有該特征的基因組 。 雖然不乏可供選擇的案例 ， 但收集和測序DNA ， 然后以對現在和未來的研究人員來說道德、高效和有用的方式組織數據至關重要 。
Strug說 ， 我們在數據科學研究所的關鍵任務之一是開發技術和程序 ， 確保數據盡可能開放、可訪問和可重復生產 。
“當我們為該項目組裝數據基礎設施時 ， 這一愿景得實現——例如 ， 確保同意書盡可能廣泛 ， 以便這些數據可以與其他來源聯系起來 ， 從電子醫療記錄到其他健康數據庫 。
“我們想確定 ， 即使在新冠肺炎疫情結束后 ， 這也可以是一個全國性的全基因組測序資源 ， 可以詢問有關健康和我們基因的各種問題 。 該數據庫的開發及其開放性也使加拿大能夠與其他國家的類似項目有效合作 。 ”
最后 ， 該項目收集了來自加拿大各地的11000多個完整基因組序列 ， 代表了具有廣泛健康結果的患者 。 結果發布在BMC基因組數據中 。 然后 ， 根據所謂的COVID-19宿主遺傳學倡議 ， 這些數據與其他國家患者的更多序列相結合 。
沒過多久 ， 模式就開始出現了 。 2021年發表在《自然》雜志上的一篇論文確定了13個與SARS-CoV-2感染或COVID-19嚴重表現相關的全基因組重要位點 。
從那時起 ， 添加了更多的數據 ， 隨后的分析證實了現有基因座的重要性 ， 同時也確定了新的基因座 。 今年早些時候在《自然》雜志上發表的該項目的最新更新使不同、全基因組的重要位點總數達到51個 。
Strug說 ， 識別這些基因座可以幫助人們預測誰可能更容易患嚴重的新冠肺炎病程 。
“當你確定與特征相關的軌跡時 ， 你還可以解開這個遺傳區域導致COVID-19疾病的機制 。 這可能會確定未來藥物可以圍繞的治療目標和方法 。 ”

雖然需要很多年才能完全解開已確定的不同基因座的影響 ， 但Strug表示 ， 該數據庫已經在以其他方式顯示其價值 。她說 ， 很難找到具有全基因組序列的數據集 ， 并被批準與其他如此大的健康信息聯系起來 ， 我們希望人們知道 ， 通過一個完全獨立的數據訪問委員會 ， 它是開放且可用于新冠病毒以外的各種研究 。