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「青蓮聚焦」肺癌研究中利用蛋白組學布局5-10分文章( 三 )

健康知識養生常識


除差異表達分析外 ， 分別對CP和CM進行sPLS-DA ， 根據其表達模式鑒定適合亞型分類的蛋白質 。 分析結果是104種蛋白質在至少兩種亞型之間顯示出明顯不同的特征 。 數據概述了六種在亞型中顯示出顯著豐度差異的蛋白質 ， 同時也是FDA批準的藥物靶標 ， 即DDC（在SCLC-A中過表達） ， EPHA2 ， ITAV和ITB1（對應于基因EPHA2 ， ITGAV和ITGB1 ， 在SCLC-Y中過表達） ， HDAC1（在SCLC-Y中下調）和KIT（在SCLC-P中上調） 。 這些標志物可能有助于未來的亞型診斷 。
「青蓮聚焦」肺癌研究中利用蛋白組學布局5-10分文章
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前沿文獻PART03
通常情況下 ， 蛋白質組學分析的做法是處理新鮮冷凍的腫瘤組織 。 然而 ， 由于新鮮冷凍標本的腫瘤收集在總樣本數量方面會受到限制 ， 并且這些樣品往往缺乏足夠長的隨訪信息 ， 導致了其實際的研究意義受限 。 因此 ， 福爾馬林固定石蠟包埋(FFPE)標本因其長期的穩定性與含有臨床結果的常見信息等優勢 ， 成為回顧性研究中十分有吸引力的資源 。
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標題：Comprehensivemicro-scaledproteomeandphosphoproteomecharacterizationofarchivedretrospectivecancerrepositories
期刊：NatureCommunications（IF=17.694）
文章摘要：
「青蓮聚焦」肺癌研究中利用蛋白組學布局5-10分文章
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技術策略：
評估了蛋白質組學在FFPE肺組織上關于蛋白質提取 ， 定量 ， 預分析和樣本量的可行性 。
1、比較蛋白質提取方案 ， 使用性能較佳的方案從肺鱗狀細胞和腺癌中深度檢測（磷酸化）蛋白質組 ， 具有>8000個定量蛋白質和>14000個磷酸化位點
2、通過微量蛋白組學方法 ， 能夠分析組織量有限的FFPE活檢 。
3、研究了分析前變量（包括固定時間和熱輔助去交聯）對蛋白質提取效率和蛋白質組覆蓋率的影響 。
改進的工作流程為肺癌中相關的癌基因、腫瘤抑制因子和信號通路提供了有關蛋白質豐度和磷酸化調控的定量信息 。
結果速遞：
首先比較了三種已發表的從FFPE樣品中提取蛋白質的方案 ， 由整體蛋白質組覆蓋率、肺癌相關的蛋白質組覆蓋率以及四次重復的高可重復性等方面的結果表明 ， SDS-SP3在三種測試方案中從肺癌FFPE樣本中提取蛋白質的效果佳 。
其次 ， 對新鮮冷凍與福爾馬林固定標本的蛋白質組進行直接比較 ， 結果顯示蛋白質鑒定沒有重大差異 ， 其對蛋白質鑒定質量的影響很小 。 使用新鮮制備的福爾馬林固定細胞進行的細胞系實驗也顯示 ， 與新鮮冷凍材料相比 ， 蛋白質組和磷酸蛋白質組覆蓋率只有很小的差異 。 表明對于大型臨床FFPE隊列的蛋白質組學分析的研究設計 ， 固定時間不一定是選擇標準 。 同時TMT技術可以成功應用于臨床FFPE樣本 ， 提供有關蛋白質表達和磷酸化水平的相關信息 。 并且TMT方法非常適合對切除的FFPE組織進行研究 ， 通過優化TMT技術使得即使是少量樣本也能實現深度蛋白質組覆蓋 。 對于切片的FFPE組織 ， 通過TMT實驗可以定量檢測到8000多種蛋白質和超過14000個磷酸化位點 。
之后對常用FFPE蛋白質提取方案、蛋白質組學量化方法和不同FFPE樣本類型的樣本量要求進行系統比較 ， 指出LFQ只需要少量的樣本進行蛋白質組分析 ， 樣本制備時間相對較短 ， 在質譜儀上每個樣品的測量時間少 。 因此 ， LFQ特別適合研究中等覆蓋率的數百個樣本的大型隊列 。 然而 ， 對于磷酸化蛋白質組分析 ， 由于對每個樣本的樣本量要求相對較高 ， 該方法受到限制 。 TMT方法可提供更深的蛋白質組和磷酸化蛋白質組 ， 但考慮到用于標記、分級和脫鹽的額外樣品處理步驟 ， 需要相對較高的樣本量和更多的樣本制備時間 。 而微尺度TMT方法的一個明顯優勢就是它提供了對蛋白質組和磷酸蛋白質組水平的深入覆蓋的同時 ， 又不需要較高的樣本量 ， 從而能夠對非常小的臨床標本（例如針芯活檢）進行全面的蛋白質組學表征 。