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單基因分析+簡單實驗，就可以發表6分+( 二 )

健康知識養生常識


單基因分析+簡單實驗，就可以發表6分+
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圖5
為了確認EEF1E1的臨床意義 ， 從國際癌癥基因組聯盟（ICGC）數據庫（https://dcc.icgc.org/）的項目中提取并獲得了肝細胞癌隊列（包括202個正常對照和243個腫瘤標本）的基因表達譜 。 結果表明 ， 高低EEFIE1表達組總生存概率差異顯著 。 根據臨床蛋白質組學腫瘤分析聯盟（CpTAC）（https://cptac-data-portal.georgetown.edu/datasets）的標準化數據 ， 分析了330例肝細胞癌和旁組織 。 結果表明 ， 高EEF1E1蛋白的總存活概率顯著低于低EEF1E1蛋白 。
04EEF1E1表達與腫瘤免疫微環境
采用免疫細胞算法（ssgsea）評估EEF1E1與免疫細胞的相關性 ， 發現EEF1E1與多種免疫細胞顯著相關 ， 包括細胞毒性細胞、DC、巨噬細胞、中性粒細胞、TFH、Th17細胞、Th2細胞、TReg等 。
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圖6
此外 ， 作者比較了免疫細胞的富集評分與EEF1E1的高表達和低表達 。 結果表明 ， 高表達EEF1E1的細胞毒性細胞、DC、中性粒細胞和NK細胞的富集分數顯著低于EEF1E1低表達的細胞毒性細胞、DC（圖6 ， 7） 。
為了驗證上述生物信息學分析的免疫細胞浸潤情況 ， 采用新開發的多重免疫組織化學技術測定2例肝細胞癌浸潤的免疫細胞 。 對輔助性T細胞標志物（CD3、CD4）、CD8T和PD1進行了研究 ， 發現EEF1E1蛋白水平與CD3、CD4、PD1呈正相關 ， 與CD8呈負相關 。
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圖7
05EEF1E1表達與EEF1E1/ATM/P53通路有關
通過基因共表達分析和基因關聯分析分析EEF1E1表達與p53通路的相關性 。 研究發現 ， EEF1E1在HCC中的表達水平與ATR、ATM、Tp53、FAS、MDM4、GAS8、CDKN2A、CCNE1、CCNE2和CDK6顯著相關（圖8A、C） 。 PPI和Cytoscape分析結果表明 ， EEF1E1可能是p53信號的上游基因 ， 并通過調節ATM介導p53通路（圖8B）
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【單基因分析+簡單實驗，就可以發表6分+】圖8
作者進一步通過免疫組織化學檢查了兩例HCC中EEF1E1 ， ATM ， p53和CASPASE3的表達 。 發現EEF1E1、ATM、p53和CASPASE3在肝癌組織中的表達顯著高于鄰近組織 。 此外 ， EEF1E1在HCC細胞的細胞質和細胞核中表達 ， 主要在細胞質中表達 ， 而ATM和p53在HCC細胞的細胞核中表達 。
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圖9
小編總結
這是一篇單基因腫瘤生信分析文章 ， 補充了簡單的免疫組化驗證 。
作者首先在幾個腫瘤數據庫中調查了EEF1E1在腫瘤和正常樣本之間的差異表達 。 結果顯示EEF1E1mRNA和蛋白質在HCC和癌旁組織中高表達 。 EEF1E1可作為肝細胞癌的獨立預后標志物 ， 與肝細胞癌的免疫侵襲有關 ， 可通過EEF1E1/ATM/p53信號參與肝細胞癌的發生和進展 。 進一步的免疫浸潤分析顯示 ， EEF1E1過表達增加細胞毒性細胞、DC、巨噬細胞、中性粒細胞、NK細胞、TFH、Tgd、Th17細胞、Th2細胞和TReg 。 此外 ， 在HCC中 ， EEF1E1表達與p53信號傳導密切相關 。
然而 ， 這些結果是基于數據分析的 。 作者采用免疫組化和multipex免疫組化進行了初步驗證 。 綜上 ， EEF1E1可能在腫瘤免疫中起重要作用 ， 是HCC患者的潛在預后生物標志物 ， 并可能參與EEF1E1/ATM/p53信號通路 。
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