胰腺導管腺癌細胞學樣本進行NGS檢測可行嗎？( 二 ) _健康小知識

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表1.可切除PDAC患者（隊列1）的基線特征
研究結果
可切除PDACFFPE組織樣本分子檢測
獲取了SanRaffaele醫院存檔的77例PDAC手術樣本（隊列1）。 70/77例FFPE樣本檢測成功（成功率為90%）：4例不符合納入標準（3例腫瘤細胞含量不足， 1例DNA量少）， 3例中位測序深度不足（<500）。檢測結果如圖1所示。有趣的是， 69/70例患者至少檢出1個具有臨床意義的基因突變， KRAS、TP53、CDKN2A和SMAD4突變頻率較高（分別為93%、53%、14%和17%）。

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圖1.可切除PDAC患者（隊列1）手術樣本基因突變檢測結果
此外， 14%的（10/70）患者檢出HR通路突變：ATM突變4例， BRCA1突變2例， BRCA2突變3例， NBN突變1例（圖1）。有趣的是，僅1/10例（10%）HR相關基因突變患者存在TP53突變，而36/60例（60%）HR野生型患者存在TP53突變（P=0.0047）。
在HR缺陷型患者中，鉑基化療后， 8/10例（80%）患者疾病特異性生存期（DSS）長于各自相應治療方案組中位DSS ，一半患者仍然活著（最短隨訪期44個月；最長隨訪期92個月）。只有2例患者DSS短于各自相應治療方案組中位DSS（圖2）。

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圖2.同源重組（HR）相關基因突變患者疾病特異性生存期（DSS）泳道圖
9/70例（13%）患者致癌基因或細胞周期相關基因存在CNV：頻率最高的是MYC（3/70；4%），其次是ERBB2（2/70；3%）。此外，還有CCND3、CDK6、CKD12、MYCN、MYCL、AKT2、FGFR1、FGFR4和IDH2（圖1）。由于FISH仍是檢測CNV的金標準，我們通過FISH對所有NGS拷貝數擴增進行驗證：均得到證實（一致性為100%）。
基于這些結果，我們發現14/70例（20%）患者存在潛在可治療突變：10例存在HR相關基因突變， 2例FGFR1–4擴增， 1例ERBB2擴增， 1例同時存在KRASp.G12C突變和ERBB2擴增。
可切除PDAC細胞學涂片分子檢測
接下來，分析了FFPE手術樣本突變檢出情況是否與診斷時獲取的相應EUS-FNA樣本匹配。為此，獲取了SanRaffaele醫院病理科存檔的56例染色的細胞學涂片（隊列1）。 47/56例細胞學樣本中檢測成功（成功率84%），表明H&E染色對DNA質量沒有顯著影響。
9例樣本DNA量不足以進行NGS檢測。 4例患者由于相應組織學樣本檢測失敗，沒有進行比較。檢測結果如圖3所示。 38/43例（88%）組織學樣本檢測結果與相應細胞學涂片完全一致，表明靶向NGS能夠檢出細胞學樣本中潛在的具有臨床意義的變異。 5例患者組織和細胞學樣本檢出不同的分子變異：患者11僅細胞學樣本檢出低豐度（5%）TP53突變；患者56僅組織學樣本檢出PTEN突變（豐度10%）；患者79、88和104僅組織學樣本檢出KRAS突變（豐度5%）。

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圖3.可切除PDAC患者（隊列1）細胞學涂片基因突變檢測結果
不可切除PDAC細胞學涂片分子檢測
由于大多數PDAC患者病灶不可切除，本研究納入了20例只有細胞學樣本可及的不可切除PDAC患者（隊列2）。所有樣本均檢測成功（成功率100%）。檢測結果如圖4所示。與隊列1的結果一致， KRAS、TP53、CDKN2A和SMAD4突變頻率較高（分別為80%、45%、15%和5%）。

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圖4.不可切除PDAC（隊列2）基因突變檢測結果
最重要的是， 2/20例（15%）患者存在潛在可用藥突變：KRASp.G12C錯義突變、BRCA2p.S1970*無義突變和ERBB2p.R678Q錯義突變。