胰腺導管腺癌細胞學樣本進行NGS檢測可行嗎？ _健康小知識

胰腺導管腺癌（PDAC）具有高度侵襲性，無論腫瘤可切除性如何，及時發現可用藥和預后相關變異，推動治療決策非常關鍵。超聲內鏡引導下細針穿刺抽吸活檢術（EUS-FNA）對于PDAC診斷和腫瘤分子檢測很重要。本研究使用NGS對2個獨立的PDAC患者隊列進行全面基因檢測。隊列1由77例可切除PDAC患者組成，切除的組織學樣本可及， 56例患者在診斷時還通過EUS-FNA獲得了細胞學樣本。隊列2由20例不可切除PDAC患者組成，只有EUS-FNA細胞學樣本可及。在隊列1中， 88%的患者診斷時獲取的細胞學樣本和相應術后組織學樣本突變檢出情況完全一致，證明了NGS檢測細胞學樣本中潛在的具有臨床意義突變的能力。值得注意的是， 20%的患者檢出了可用藥突變。在隊列2中，所有樣本均檢測成功。與隊列1的結果一致， KRAS、TP53、CDKN2A和SMAD4是高頻突變基因。最重要的是， 15%的患者檢出可用藥突變。本研究表明，手術樣本和細胞學樣本均可用于NGS檢測，臨床上可對所有PDAC患者進行全面分子檢測，無論病灶可切除性如何。

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研究背景
2020年，胰腺導管腺癌（PDAC）是發達國家癌癥相關死亡的第三大原因。手術是PDAC唯一可治愈選擇，但只有20%的患者適宜進行手術切除，其余80%的患者確診時已發生遠處轉移或為局部晚期，通常對大多數治療方案具有抗性。
全外顯子組和全基因組研究揭示了PDAC復雜的基因突變譜， KRAS、TP53、CDKN2A和SMAD4這4個基因突變頻率較高，其他基因突變頻率較低。目前，同源重組（HR）DNA修復通路缺陷引起了人們的興趣，因為DNA損傷或靶向HR藥物或許可以治療HR缺陷腫瘤，最近一項正在進行的奧拉帕利治療胰腺癌的III期試驗顯示了這一點，基于此， PARP抑制劑奧拉帕利獲批用于治療胚系BRCA突變的轉移性PDAC患者。因此，發現可靶向用藥的分子變異可以改善這種致命癌癥患者的生存結局。
與其他癌癥類型相比，胰腺癌分子特征研究及相關應用的進展相對緩慢，與數量和質量佳的樣本的可及性相關。首先，多數患者確診時為晚期，不可手術切除，因此可用于前瞻性或回顧性研究的手術樣本可及的患者數量有限。第二，當手術PDAC樣本可及時，通常進行福爾馬林固定、石蠟包埋（FFPE），這是病理實驗室的標準做法。盡管新鮮凍存組織是分子檢測的最佳選擇，因為保存了核酸質量，但福爾馬林固定會導致碎片化和序列偽影，降低核酸質量。鑒于PDAC具有侵襲性，臨床迫切需要及時發現可用藥和預后相關變異，以推動治療決策，無論腫瘤可切除性如何。盡管只有少數患者手術組織樣本可及，但大多數患者在影像學檢查中進行了穿刺活檢。我院對胰腺病變患者常規進行超聲內鏡引導下細針穿刺抽吸活檢術（EUS-FNA），作為用于診斷的首選方法。研究表明， EUS-FNA在診斷胰腺病變方面，靈敏度為85% ，特異性為96% 。 EUS-FNA也為分子檢測提供了寶貴材料，盡管量很少。此外，由細胞學專家進行現場快速評價（ROSE），實時判斷EUS-FNA樣本是否適用于隨后的分子檢測。對EUS-FNA樣本進行及時可靠的分子檢測，能為臨床醫生提供額外的有價值的信息，幫助他們制定管理決策。
本研究評估了商用DNANGSpanel檢測PDAC患者FFPE手術樣本和EUS-FNA樣本的可行性及臨床時效性。我們還通過比較配對樣本的一致性，評估了該方法從有限FNA樣本中檢出有臨床意義變異的可靠性。
研究方法
使用OncomineComprehensiveAssayv3DNApanel對2個獨立的可切除和不可切除PDAC隊列患者進行檢測，評估161個癌癥發生發展相關基因突變狀態。使用熒光原位雜交（FISH）對NGS顯示拷貝數擴增的FFPE腫瘤組織樣本進行驗證。隊列1由77例可切除PDAC患者（臨床病理特征見表1）組成，切除的組織學樣本可及， 56例患者在診斷時還通過EUS-FNA獲得了細胞學樣本。隊列2由20例不可切除PDAC患者組成，只有EUS-FNA細胞學樣本可及。