德爾塔奧密克|最早發現于法國的德爾塔奧密克戎重組變異如何？巴斯德研究所詳解重組|病例|異體|研究人員|譜系

重組是許多生物進化過程中的一個關鍵過程。冠狀病毒等正鏈RNA病毒中，重組也經常發生，這一現象被認為與病毒宿主范圍擴大、抗原轉移或毒性變異等重大流行病學事件有關。
世界衛生組織（WHO）在關于COVID-19流行病學情況的最新周報中即指出， SARS-CoV-2病毒繼續進化。鑒于目前全球范圍內的高水平傳播，很可能會出現更多的變異體，包括重組變異體。該組織正在追蹤的重組變異體，包括Delta(AY.4)和Omicron(BA.1)的重組變異體（XD Pango譜系) ，以及BA.1和BA.2的重組體(如XE Pango譜系) 。
其中， XD重組變異體目前傳播似乎仍然有限，被視為“監測中的變異株”（VUM），可獲得的證據并不表明它比其他流行變種更具傳染性。 XE重組變異體則于1月19日在英國首次發現，截至3月底，已報告和確認了約600個序列。早期的估計表明，與BA.2相比， XE具有1.1倍的社區增長率優勢(約10%的傳播優勢) 。不過，世衛組織也強調，這一發現需要進一步證實。
對于上述的XD重組變異體，法國巴斯德研究所等團隊的研究人員近日在預印本平臺Research Square上發布了一項最新研究，題為“在歐洲發現的Delta-Omicron SARS- CoV-2重組病毒的快速鑒定”（Rapid characterization of a Delta-Omicron SARS- CoV-2 recombinant detected in Europe）。他們指出，這種重組變異體表現出與奧密克戎相似的免疫逃逸特性，而其在表達人類ACE2受體（hACE1）的小鼠中的行為更類似于德爾塔毒株。
研究團隊認為，這種重組變異體提供了一個獨特而自然的機會，可以更好地了解SARS-CoV-2中的基因型與表型之間的聯系。

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XD譜系的基因組和最初發現。
法國北部常規監測中發現XD重組變異體
COVID-19大流行發展至今，不斷關切變異體在“接力”引發每一波高潮。就在奧密克戎之前，德爾塔病毒在全世界范圍內引起廣泛傳播。法國巴斯德研究所等團隊的研究人員在論文中指出，當兩種遺傳上不同的病毒共同感染細胞時，重組過程可能發生。
2022年初，在法國EMERGEN聯盟和歐洲為常規SARS-CoV-2基因組監測的多個實驗室公開分享了2個序列，最初分別被Pangolin和Nextclade歸類為Delta AY.4和21J 。對這些基因組的進一步檢查顯示，僅在基因組的一部分中即存在BA.1譜系特征的大量特征突變，高度暗示了重組。
該譜系被GISAID指定為分支GKA ，然后Pango譜系指定其為XD ，并于2022年3月17日被歐盟疾控中心（ECDC）歸類為監測中的變異株。
該重組變異株的最早序列于1月3日在法國北部的常規監測期間采樣獲得。截至3月18日，通過隨機抽樣和聚類調查，已在法國多個地區以及丹麥、荷蘭、比利時和德國檢測到XD譜系。所調查的大多數病例報告沒有旅行史，一例來自意大利的病例除外。研究認為，這表明盡管廣泛但傳播較少。
他們進行的流行病學調查的數據來自1月3日至3月9日期間在法國發生的32例確診XD病例和6例SARS-CoV-2檢測呈陽性的疑似病例。作為比較，他們還使用了最近在法國使用相同方法對奧密克戎（BA.1）病例調查獲得的流行病學數據。
XD感染患者中位年齡為32.5歲，與奧密克戎病例（35歲）相似。不過，與奧密克戎病例（11.3%）相比， 20歲以下的XD病例占25.7% 。另外，只有2例XD病例報告了此前發生過SARS-CoV-2感染（5.6%），低于奧密克戎（14%）。沒有XD病例超過70歲，也沒有報告危險因素。只有6%的重組病例未接種疫苗，奧密克戎病例為27% 。