六神丸是家庭常備良藥之一，具有清熱解毒、消腫止痛等功效，具易服、高效、速效等特點 。近幾年來，通過藥理研究，發現六神丸還有強心、抗驚、鎮靜與增強免疫力等作用 。
不過，六神丸中含有一定量的毒性物質，長期服用會導致嚴重的副作用 。這些毒性物質主要指其中的蟾酥和雄黃兩味藥物，其中蟾酥含有與強心苷結構相似的蟾蜍毒素，使用不當易導致心律失常；雄黃主要含有硫化鹽成分，長期大量攝入會導致心、肝、腎臟的功能損害 。
另外，六神丸還含麝香等成分，能引起子宮收縮，故孕婦禁用 。
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