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紅楓灣APP:一項在預(yù)印本平臺上發(fā)表的研究 , 對三名艾滋患者中出現(xiàn)的新型SARS-CoV-2變種進行了分析 。
發(fā)表在預(yù)印本平臺medRxiv上的一項新研究 , 對三名艾滋患者中的新型SARS-CoV-2變種進行了分析 。 預(yù)印本是指研究成果還未在正式學(xué)術(shù)期刊上發(fā)表 , 但出于同行交流目的 , 通過互聯(lián)網(wǎng)發(fā)布的科研論文 。
研究背景
時至今日 , 新冠在全球感染了3.5億多人 , 造成559萬人死亡 。 廣泛接種新冠疫苗 , 可實現(xiàn)群體免疫 , 并結(jié)束新冠疫情 。 但許多地區(qū)的疫苗供應(yīng)有短缺或推遲 , 再加上有人對疫苗表示懷疑 , 所以出現(xiàn)了很多新冠病毒變種 , 這些變種病毒有更高的傳播性和規(guī)避人體免疫系統(tǒng)的能力 。
【檢測|注意!艾滋患者中出現(xiàn)了新型SARS-CoV-2變種!】這些變種病毒讓疫情不斷反復(fù) , 導(dǎo)致了新發(fā)感染、再次感染和突破性感染 。
由于免疫缺陷患者無法完全清除新冠病毒 , 所以新冠會在體內(nèi)長期存在 , 并讓病毒基因組發(fā)生變化 , 適應(yīng)對病毒來說有危險環(huán)境 , 比如適應(yīng)用于治療的抗體 。
刺突基因突變 , 會導(dǎo)致刺突蛋白改變 , 從而修改抗體表位 , 進而通過抗刺突抗體 , 阻止或削弱刺突結(jié)合 。 所以中和抗體無法對這些新病毒變種起作用 。
許多新冠病毒變種 , 包括Alpha、Beta、德爾塔(Delta)和奧密克戎(Omicron) , 都有多個能讓它們逃避中和抗體的刺突突變 。
這項預(yù)印本研究對在三名艾滋患者身上發(fā)現(xiàn)的新突變進行了分析 。
研究發(fā)現(xiàn)
第一位患者入院時 , 有呼吸困難、體重減輕、發(fā)燒、盜汗癥狀 。 鼻咽拭子(CNTS)聯(lián)合聚合酶鏈反應(yīng)(PCR)檢測為新冠陽性 , 患者同時還感染了HIV-1和粟粒型肺結(jié)核 。 患者接受了所有治療 , 并在兩個月后出院 。 再次CNTS檢測顯示新冠陰性 。
第二位已感染HIV-1的患者之前有彌漫性大B細胞淋巴瘤 , 因尿路感染入院 。 這名患者首次確診艾滋感染時在20年前 , 患者對抗病毒療法的依從性很差 。 入院四周后 , 新冠監(jiān)測呈陽性 。 患者因呼吸困難而需要吸氧 , 并在此后一直為新冠陽性 。
第三位患者10年前感染了HIV-1 , 抗病毒治療有過中斷 。 入院時確診為新冠感染 , 癥狀為咳嗽、發(fā)熱、肌痛 。 盡管這些癥狀很快消退了 , 但每周的新冠檢測仍呈陽性 。
所有患者樣本均可從CNTS檢測中獲得大量病毒RNA , 其周期閾值(Ct)為30 , 被認為是中高病毒載量 。
在所有病例中 , 感染變異都是Alpha SARS-CoV-2 , 它由一個N501Y突變組成 , 該突變將病毒受體結(jié)合域(RBD) , 對宿主細胞血管緊張素轉(zhuǎn)換酶2 (ACE2)受體的結(jié)合親和力 , 提高了10倍 。
當(dāng)通過下一代測序(NGS)對這些患者的病毒RNA進行測序時 , 檢測到新冠刺突RBD中有大量突變 。 其中一些突變沒有繼續(xù) , 可能是因為它們被早期毒株的抗體克制 。
所有患者樣本 , 都被發(fā)現(xiàn)在RBD的受體結(jié)合基元(RBM)內(nèi)的E484位點有突變 , 這是一個著名的免疫逃逸位置 。 其中一些突變 , 如E484K和E484G , 也增加了RBD對ACE2的結(jié)合親和力 。
在第三例患者的血清中 , 抗刺突抗體達到了可檢測水平 , 但沒有發(fā)現(xiàn)野生型病毒的活性 。 第三例患者成功分離了病毒 。
研究意義
這項研究證明了新冠病毒會在有免疫缺陷的宿主體內(nèi)進化 , 隨著時間的推移 , 病毒會通過新的突變來適應(yīng)環(huán)境 。 部分(不是全部)突變的持續(xù)存在表明:免疫缺陷會讓人體無法將病毒清除 , 病毒會繼續(xù)在患者體內(nèi)復(fù)制 。
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