學術前沿：我國科學家發現新的食管鱗狀細胞癌診斷和預后標志物食管鱗狀細胞癌（ESCC）占全球

食管鱗狀細胞癌（ESCC）占全球食管癌病例的80% ， 5年生存率<30% ，主要臨床表現包括進行性的吞咽困難、吞咽時疼痛、體重減輕等。在中國，每年約有350,000人死于ESCC 。大多數食管癌病例是在晚期診斷出來的，影響患者的日常生活，包括他們的飲食能力。在早期治療這種疾病通常比晚期治療預后更好，但目前缺乏有助于早期檢測和/或準確預后預測的有效生物標志物。

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2022年2月25日，中國醫學科學院/北京協和醫學院林東昕，吳晨及溫州醫科大學蘇建忠共同通訊在SignalTransductionandTargetedTherapy（IF=18）在線發表題為“Multi-omiccharacterizationofgenome-wideabnormalDNAmethylationrevealsdiagnosticandprognosticmarkersforesophagealsquamous-cellcarcinoma”的研究論文，該研究比較91個ESCC和匹配的相鄰正常組織的全基因組甲基化位點，該研究確定了35,577個差異甲基化CpG位點(DMC)并表征了它們的分布模式。整合相同樣本的全基因組DNA和RNA測序數據，該研究發現了多個失調的轉錄因子和已識別的DMC的ESCC特異性基因組相關性。
使用特異DMC ，該研究開發了一個具有高精度的12標記診斷面板，以及一個區分高危患者的4標記預后面板。體外實驗驗證了4個標記宿主基因的功能。這些結果共同為異常DNA甲基化在ESCC發展和進展中的重要作用提供了額外的證據。總之，該研究基于DMC的診斷和預后對ESCC的臨床護理具有潛在價值，為開發用于未來非侵入性癌癥檢測方法的靶向甲基化測定奠定了基礎。

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【學術前沿：我國科學家發現新的食管鱗狀細胞癌診斷和預后標志物】食管鱗狀細胞癌（ESCC）占全球食管癌病例的80% ， 5年生存率<30% 。在中國，每年約有350,000人死于ESCC 。在早期治療這種疾病通常比晚期治療預后更好，但目前缺乏有助于早期檢測和/或準確預后預測的有效生物標志物。異常的DNA甲基化在癌癥的發生和發展中起重要作用，并已被研究用于獲得包括ESCC在內的多種人類癌癥的診斷/預后生物標志物。對于癌癥檢測，差異甲基化CpG位點(DMC)被認為優于其他遺傳特征，因為它們具有起源組織和癌癥類型的特異性、癌變過程中的早期出現以及固定樣本和體液隨時間推移的相對穩定性。
最近的一項臨床研究證明了DMC標志物在處理循環無細胞腫瘤DNA(cfDNA)時的優越性。為了尋找潛在的基于DMC的標記，在大量樣本中進行無偏見的全基因組篩選至關重要。早期的工作通常集中在少數異常甲基化的基因上，而不是進行全基因組搜索。最近的研究要么忽略了基因組和轉錄組學背景，要么在不同的患者組中對其進行了研究，這可能是由于缺乏匹配的多組學數據。尚未對中國ESCC患者進行大規模甲基化組檢測。

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對全基因組DNA和RNA測序數據的綜合分析揭示了甲基化介導的ESCC中多個TF的失調（圖源自SignalTransductionandTargetedTherapy）
在之前的研究中，研究人員對91名中國ESCC患者的匹配腫瘤和鄰近正常組織樣本進行了全基因組測序和RNA測序。在本研究中，繼續分析相同樣本的全基因組DNA甲基化，并將DMC與各種基因表達改變以及ESCC特有的體細胞和生殖細胞變異相關聯。基于這些結果，該研究開發了一個由12個啟動子/基因體DNA甲基化CpG位點組成的診斷模型，可在多個患者組中將ESCC與鄰近組織或正常食道區分開來。