《自然》:打造轉移的“發動機”,癌細胞竟是這樣做的!

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腫瘤轉移是癌癥死亡重要原因 。
腫瘤轉移是一個多步驟的過程 , 其中充滿了饑餓、缺氧等不利腫瘤生存的艱苦 , 為了在此過程中存活下來 , 腫瘤細胞需要有足夠的代謝可調性 。
線粒體是細胞能量代謝的核心細胞器 , 它能夠使細胞更好地適應周圍的環境 , 因此它們也是腫瘤細胞轉移的核心調控者[1] 。 然而 , 腫瘤細胞如何快速調節線粒體的代謝模式以幫助其轉移 , 目前我們并不是十分清楚 。
在線粒體有氧呼吸鏈上的蛋白質復合物中 , 至少有13種是由線粒體DNA編碼 , 并在線粒體內合成的 , 這些復合物的翻譯效率會明顯地影響到線粒體的功能狀態 。 現有的研究表明 , 與細胞質基質中的蛋白質翻譯體系不同 , 線粒體僅使用一種tRNA——tRNAMetCAU——來識別AUG和AUA兩種密碼子 , 為了做到這一點 , tRNAMet需要在第34位胞嘧啶上進行5-甲酰基胞嘧啶(f5C34)修飾 。
tRNAMet上f5C34修飾的形成通常需要兩步 , 首先由NSUN3催化形成m5C , 隨后由ALKBH1將m5C轉變為f5C[2,3] 。 在人類中NSUN3功能缺失與線粒體呼吸鏈缺陷相關 , 但是不清楚線粒體中tRNA的f5C修飾是否會通過影響線粒體的功能 , 進而影響腫瘤細胞的轉移能力 。
近期 , 由德國癌癥研究中心MichaelaFrye教授領銜的研究團隊 , 在著名學術雜志《自然》上發表重要研究成果[4] , 他們發現在人類腫瘤細胞線粒體的tRNAMet上 , 由NSUN3與ALKBH1介導的m5C34和f5C34修飾 , 對腫瘤的轉移至關重要 , NSUN3缺陷雖然不會影響原發瘤的生長 , 但是會使腫瘤失去轉移能力 。
從機制上講 , 線粒體中tRNAMet的m5C34和f5C34修飾 , 對于線粒體中蛋白質合成至關重要 , 缺少m5C34和f5C34修飾 , 導致線粒體內呼吸鏈復合物合成效率顯著降低 , 進而導致腫瘤細胞代謝可塑性降低 , 有氧呼吸能力減弱 , 無法為轉移中的腫瘤細胞提供足夠的能量 。
更重要的是 , 這項研究表明 , 抑制線粒體內mRNA的翻譯能夠有效抑制腫瘤轉移 , 這為后續開發新的腫瘤治療方法提供了參考 。
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論文首頁截圖
為了研究線粒體中tRNA上的f5C修飾對腫瘤細胞的影響 , 研究團隊首先進行了fCAB測序(化學輔助亞硫酸氫鹽測序)以及RNA-seq , 檢測線粒體中tRNA的m5C以及f5C修飾豐度以及分布情況 。
《自然》:打造轉移的“發動機”,癌細胞竟是這樣做的!】通過分析測序結果他們發現 , 線粒體中tRNAMet是正常細胞或癌細胞線粒體中唯一一種攜帶f5C修飾的tRNA 。 在tRNAMet中最普遍的修飾是m5C(約50%的C被修飾) , 其次是f5C(約35%) , 未被修飾的C僅占10%左右 。
而使用針對NSUN3的shRNA敲低細胞中NSUN3后 , tRNAMet中m5C和f5C修飾都顯著減少 , f5C34修飾幾乎消失 。
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線粒體tRNAMet中m5C和f5C修飾依賴于NSUN3
鑒于tRNAMet對翻譯的起始以及延伸都十分重要 , 因此 , 研究團隊想知道tRNAMet中m5C和f5C修飾缺陷 , 是否會對線粒體中蛋白質合成產生影響 。 因此 , 他們檢測了清除NSUN3后線粒體中新生蛋白質的比例 , 發現NSUN3缺失會顯著地降低新生蛋白質的比例 , 說明tRNAMet中m5C和f5C缺陷會降低線粒體中蛋白質的合成效率 。
我們都知道 , 線粒體編碼很多與有氧呼吸相關的蛋白質 , 所以tRNAMet中m5C和f5C修飾缺陷引起的蛋白質合成效率降低 , 是否會影響線粒體的呼吸功能呢?
為了搞清楚這個問題 , 研究團隊檢測了線粒體中的TCA代謝物濃度 , 發現在NSUN3缺陷后多種TCA代謝物的濃度有所降低 。 為了驗證m5C是否直接調控線粒體的活性 , 研究團隊在腫瘤細胞中過表達WT或酶活缺失突變的NSUN3 , 比較這些細胞線粒體呼吸能力 , 發現過表達酶活缺失突變NSUN3的細胞線粒體中TCA代謝物濃度降低、有氧呼吸能力下降、糖酵解增加;同時 , NSUN3缺失的線粒體更圓 , 嵴的數量也明顯減少 。 這些數據表明 , 線粒體tRNAMet中m5C和f5CRNA修飾可以反映細胞的能量需求 , 并相應地調整線粒體的功能 。