導讀：斯坦福大學團隊借助Olink免疫炎癥蛋白組學分析和腸道菌群宏基因組研究發現：食用高纖維食品可維持腸道菌群穩定 ， 影響菌群功能 ， 如碳水化物活性酶CAZyme的表達上調 ， 引起個體化的炎癥反應；而食用發酵食品可提高腸道菌群多樣性 ， 并降低人體免疫系統炎癥標志物表達 。
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2021年8月5日 ， 來自斯坦福大學醫學院微生物和免疫專業的科學家JustiinL.Sonnenburg教授課題組 ， 發表了他們最新的研究成果：以腸道微生物群靶向的飲食可以調節人類的免疫狀態 ， 在這個研究中 ， 通過一項為期17周的隨機前瞻性研究(n=18/arm) ， 結合微生物組和宿主的免疫炎癥蛋白組學研究 ， 他們得出結論：高發酵食品飲食穩步增加微生物組學多樣性 ， 并且通過有效的降低了血漿炎癥蛋白標志物 ， 以上多組學研究數據及結論 ， 對當今工業社會存在的炎癥流行類疾病 ， 如自身免疫類疾病、癌癥及代謝類疾病的進一步研究及飲食指導 ， 都有非常重要的探索意義和應用價值 。 看到這里 ， 筆者決定豆腐乳吃起來 。
整合腸道微生物組學和人類生物學尤其是免疫組學表明 ， 干預腸道微生物可能是改變人類健康的有力手段 。 以腸道微生物群為目標 ， 以增強、引入或消除特定功能或類群的飲食可以被證明是實現精準醫學承諾的有力途徑 。
非傳染性慢性疾病(Non-communicablechronicdiseases,NCCDs) ， 例如很多自身免疫疾病 ， 甚至一些腫瘤 ， 往往主要由慢性炎癥驅動 ， 發病率隨著全球工業化進程而迅速上升 。 巧合的是 ， 腸道微生物群隨著工業化的變化也有明顯的變化 。 鑒于已知多個研究結果表明人類微生物群會影響炎癥狀態 ， 一個關鍵問題是 ， 針對腸道微生物群的飲食是否可以減輕健康個體的系統性炎癥？
為了回答這個問題 ， 斯坦福大學的學者使用了飲食干預的方法 ， 并且同時縱向監測了參與實驗的健康成年人的微生物組和免疫狀態（實驗設計見下圖） 。

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(A)對參與者的登記、分配、隨訪和分析的排序流程圖 。 側圖顯示了每個平臺收集的高纖維(Fi)和高發酵(Fe)飲食組的參與者數量 。 *2名參與者被特殊要求分配到高纖維組中 ， 而不是隨機分配的 。
(B)為期14周的研究概述時間線、樣本類型收集和相應的實驗平臺 。
(C)箱線圖中顯示的高纖維飲食組的纖維攝入量；高發酵食物飲食組的纖維攝入量以虛線表示 。
(D)箱形圖中高發酵食物飲食組發酵食物攝入量；高纖維飲食組發酵食物攝入量為虛線 。
研究者使用了16SRNA測序技術對受試者的腸道菌群進行了檢測 ， 他們發現高發酵食品的飲食增加了微生物群的多樣性 ， 并改變了其微生物組成（見下圖）；與高纖維飲食組相比 ， 在干預過程中 ， 食用高發酵食物飲食的參與者的微生物群總體上alpha多樣性有所增加 ， 這可以從總體ASV和Shannon多樣性指數的變化趨勢看到 。 這種多樣性的增加在選擇期間持續存在 ， 當時發酵食物的攝入量高于基線 ， 但低于維持結束時 ， 這表明多樣性的增加可能涉及腸道生態系統的重構 ， 而不是立即反映消耗量 。

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另外 ， 高維度免疫系統圖譜分析揭示了宿主對不同食品攝入的免疫反應 。 科學家發現發酵的食物的攝入會降低炎癥的水平 。 使用Olink公司的免疫炎癥蛋白組學產品InflammationPanel來檢測血清中的循環細胞因子 ， 鑒定了92種免疫炎癥標志物 。 如下圖所示 ， 其中19個蛋白標志物在發酵食物攝入組中表達量減少 ， 包括細胞因子、趨化因子和炎癥血清蛋白 ， 如NGF、LIF-R、IL-6、IL-10、IL-12b、VEGFA、MMP-10和CCL9等 。 通過使用LME計算的每個分析物的跨時間水平的負相關關系發現 ， 這19個免疫炎癥標志物（Fgf-21也有顯著變化 ， 圖中未顯示） ， 從基線（3周）到干預結束（第10周；SAM兩類配對、FDR%0.05、q值%0.1）都有發生顯著變化 。

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