值得注意的是，正常情況下，人體內褪黑素的含量比較少，如過多服用褪黑素，會導致人體內甲狀腺素、腎上腺素濃度相對降低，使人精神不佳、困倦欲睡，此時注意力容易分散，反應力減緩，敏感度降低。另有研究表明，褪黑素有一定的抑制排卵作用，可能會影響生育能力。還會使抑郁癥患者多夢、噩夢、易驚醒，患者心情持續低落，加重睡眠障礙的病情。
潘集陽也指出，褪黑素對因晝夜節律紊亂或褪黑素缺乏導致的睡眠障礙確實有改善效果，但也沒有廣告宣稱的那么夸張，也沒有神奇到能夠治療各類失眠的魔力，且并不適合長期使用。
另外，褪黑素受光線的影響很大。潘集陽說，“我們的身體有晝夜生物節律，一般從傍晚開始，褪黑素分泌增加，到了凌晨達到高峰。如果晚上10:00以后還在看手機、玩電腦，在藍光的作用下，身體里褪黑素分泌就會減少，我們的睡意自然就會受到影響?！币虼?，專家提醒大眾，理性看待各類保健品的保健效果，同時在睡前少玩電腦手機。
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