叩齒健腎的機理有二：一是“齒者，腎之標”(《雜病源流犀燭·口齒唇舌病源流》)，由腎中精氣所充養，腎中精氣充沛，則牙齒堅固而不易脫落；腎中精氣不足，則牙齒易于松動，甚至早期脫落。
牙齒健否是腎健否的標志之一，叩齒能健齒、充腎精，故可健腎。二是腎“在液為唾”，唾為口津是唾液中較稠厚的部分，叩齒催生唾液，是謂“金律”，又稱“玉液”，“津”通于“精”，為腎精所化，咽而不吐，有滋養腎中精氣的作用，故可健腎。

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3.強骨益腦
腎主骨，“齒為骨之余”。齒與骨同出一源，為腎精所養。叩齒能健腎，充盈腎精，利及骨骼，持恒進行，能致骨堅，故可健骨。
《素問·陰陽應象大論》說：“腎生骨髓”，而腦為髓海，腎中精氣充盈，則髓海得養，腦發育健全，就能充分發揮其“精明之府”的功能；反之，腎中精氣虧虛，則髓海不足而失養。叩齒能健腎，使腎中精氣得充，故可健腦。
4.聰耳明目
《靈柩·脈度》說:“腎氣通于耳，腎和則耳能聞五音矣。”腎中精氣充盈，髓海得養則耳聰；腎中精氣虛衰，髓海失養則耳鳴甚或耳聾。又“腎受五臟六腑之精而藏之”(《素問·上古天真論》)，“五臟六腑之精氣，皆上注于目”(《靈柩·大惑論》)，精氣充盈則目能辨五色。叩齒能充盈腎精，故可聰耳明目。
美顏榮發：叩齒可活動面肌，加強面部血液循環，改善面膚的營養，進而美顏。發的生長賴于精血，精血充盈，則發長而光澤；精血虛衰，則發白而脫落。腎藏精，“其華在發”，叩齒可使腎精充盈而榮發。

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